از هنگام نطق آیت الله خامنه ای درقم در سال ۱۳۸۹ تاکنون بسیاری از کليساها تعطيل و بناهای تاریخی آنها تخریب شده و از
برگزاری مراسم کليسايی جلوگيری به عمل آمده است.
آخرین مورد آن تعطیلی کلیسای جماعت ربانی در جنت
آباد تهران بود.
به نوشته سایت محبت نیوز، کلیسای جنت آباد در غرب تهران به دستور اداره حفاظت و اطلاعات سپاه پاسداران
جمهوری اسلامی تعطیل شد. این کلیسا بیش از ۱۰۰ عضو داشت و همه برنامه
هایی که در آن اجرا می شد به زبان فارسی بود. محبت نیوز تعطیلی این مرکز را نشانه افزایش
محدودیت ها و فشار ها از سوی دولت ایران بر مسیحیان به ویژه نوکیشان مسیحی ارزیابی
کرده است.
بنا بر خبری که روز هفتم اسفند ۱۳۹۰ منتشر شد به دستور وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی خدمات به زبان فارسی دو
کلیسای مسیحی: «کلیسای پروتستان عمانوئیل» و «کلیسای انجیلی پطرس مقدس» که در تهران
به ثبت رسمی رسیده‌اند، تعطیل شد.
در آذر ماه ۱۳۸۸ نیز کلیسای جماعت ربانی مرکز در تهران از دادن خدمات به زبان فارسی و
در روز جمعه منع شد.
مقام های وزارت اطلاعات از کلیساها خواسته اند به
جای جمعه ها خدمات خود را روزهای یکشنبه ارائه دهند. در روزهای جمعه کلیسا مکانی بود
برای گردآمدن نوکیشان و مسیحیان و مسلمانان. اما روز یکشنبه در ایران روزِ کاری ست
و گزارش ها حاکی از آنست که محدودیت های جدید باعث کاهش تعداد اعضای این دو کلیسا به
نصف شده‌است.
درهای كلیسای پنتاکوت و رسمی آشوری كرمانشاه نیز
از تاریخ ١٢ دی ١٣٨٨ با حکم مقام های قضایی و امنیتی به بهانه ترویج مسیحیت در بین
فارسی زبانان مسلمان و بشارت انجیل، به روی مسیحیان بسته شد. كشیش این كلیسا «ویلسون
عیسوی» نیزدر ۱۳ بهمن ماه ۱۳۸۸بازداشت شد و پس
از گذراندن ۵۴ روز در زندان دستگرد اصفهان با سپردن وثیقه
به طور موقت آزاد شد.
